В Ubuntu 14.04 c Unity устанавливаем скайп из deb-пакета. Запускаем, не появляется иконка в системном трее.
Проблема связана с тем, что в Ubuntu 14.04 вообще нет никакого системного трея, поэтому даже отлично работавшие ранее способы с изменением настроек через dconf-editor уже не помогают. Помогает установка следующего пакета.
sudo apt-get install sni-qt:i386
sni-qt - плагин Qt, который превращает все старые QSystemTrayIcon в новые модные StatusNotifierItems. Теоретически решает проблемы не только скайпа, но и всех приложений, работавших когда-то с системным треем.